Então, os parâmetros são passados através de un hash, logo você poderia usar algo assim:

{:query => params[:query], :category => params[:category_id] } %>

E no seu controller também tem que chamar o parametro dentro da sua query.

Se aceita uma dica, de uma olhada neste projeto: http://wiki.github.com/thoughtbot/squirrel
Ele facilita bem a formulação de querys mais “complexas” e inclusive já tem total integração com o will_paginate.

Abraço!